MESH e Ontologias
O que é uma ontologia biomédica?
Introdução
Uma ontologia biomédica é uma representação estruturada do conhecimento no domínio biomédico projetada para ser compreendida tanto por humanos quanto por computadores. As primeiras ontologias foram criadas para se extrair conhecimento das páginas da internet e definidas pela W3C (https://www.w3.org/), órgão regulador da internet.
Uma ontologia biomédica é um grafo onde os termos são nós, relacionados entre si por conexões (edges) que são verbos (ações). Ela define conceitos, suas relações e propriedades de forma precisa e padronizada, permitindo armazenamento, recuperação e análise de dados mais eficientes.
Através de ontologias podemos extrair conhecimento e verificar se frases ou textos estão corretos.
As ontologias vêm ganhando incrível evidência nos últimos anos, pois elas foram integradas a complexos frameworks ligados à Inteligência Artificial para dar consistência semântica e científica às pesquisas em liguagem natural (queries) (ver: https://www.slolab.ai/ e https://biochatter.org/latest/)
Exemplo
A seguir um pequeno exemplo de uma ontologia:
Parte de uma Ontologia para o Sistema Imunológico. Exemplo: (cell activation) faz parte da (resposta imune); já (resposta inflamatória) é uma (resposta imune)
link: https://tools.dice-database.org/GOnet/doc/index
Ontologias biomédicas
Há várias ontologias descrevendo conceitos de biomédicos, abaixo relacionamos algumas delas:
- . GO - Gene Ontolgoy - https://geneontology.org
Biological Process
Molecular Function
Cellular Component
DO - Disease Ontology - https://disease-ontology.org
OBI - Ontology for Biomedical Investigations - https://obi-ontology.org
MP - Mammalian Phenotype Ontology (EMBL) - https://www.ebi.ac.uk/ols4/ontologies/mp
IDO - Infectious Disease Ontology (EMBL) - https://www.ebi.ac.uk/ols4/ontologies/ido
SNOMED-CTG - Snomed Clinical Terminology - https://www.snomed.org/value-of-snomedct
entre diversas outras.
MESH - Medical Subject Headings
O tesauro Medical Subject Headings (MeSH) é um vocabulário controlado e hierarquicamente organizado, produzido pela Biblioteca Nacional de Medicina (National Library of Medicine). É usado para indexação, catalogação e busca de informações biomédicas e relacionadas à saúde. O MeSH inclui os cabeçalhos de assunto que aparecem no MEDLINE/PubMed, no Catálogo NLM e em outras bases de dados NLM. O MeSH não é uma ontologia em seu senso formal, mas contém vários conceitos de uma ontologia como vocabulário controlado e estruturado na forma de uma árvore. Não é uma ontologia, pois não contempla Axiomas formais, relações complexas e classes. Porém, ele contempla relações semânticas muito úteis para o entendimento, busca e contextualização de termos biomédicos, como:
Termo mais amplo (Broader Term - BT): Um conceito mais geral.
Termo mais restrito (Narrower Term - NT): Um conceito mais específico.
Termo relacionado (Related Term - RT): Conceitos que estão associados, mas não hierarquicamente relacionados.
Uso para (Use For - UF): Sinônimos ou termos preferenciais.
Termo de entrada (Entry Term - ET): Termos não preferenciais que mapeiam para um cabeçalho MeSH.
Relações como as abaixo, usuais em ontologias, não são encontradas no MeSH:
é um
faz parte de
regula
ativa
reprime
etc.
Ou seja, o MeSH foi criado para auxílio semântico ao vocabulário biomédico e apoio à PubMed para a recuperação de textos.
Exercício
Procure por Hypertension no link: https://meshb.nlm.nih.gov/search
Clique em MeSH Tree Sstructure
Clique em “Essential Hypertension”
Clique em RDF Unique Identifier
aqui vemos os seus qualificadores
e termos relacionados
além de outros itens
Veja link (inglês):